校企结合、产学研结合，是创建创新型国家的重要组成部分。哈尔滨工业大学（深圳）于2006年成立了“校企合作委员会”，一方面充分发挥哈工大(深圳)科研实力强的优势，为企业提供最新的科技信息和科研成果，促进高校科研成果商品化和产业化；协助企业解决生产过程中的技术与管理问题；增强企业的技术创新和市场竞争力。另一方面通过与企业的合作，促进学校学科建设的发展，使学校的教学、科研、人才培养更好地适应国家经济建设的需要和社会的需求。以“校企合作委员会”为桥梁和纽带；加强哈工大（深圳）与企、事业单位在人才培养、科研开发等方面的合作；探索有特色的产、学、研相结合道路。

目前，校区已经与深圳等地的1400余家企事业单位开展了实质性合作，为企业解决近3000余个关键技术问题，累计到账横向科研经费超9亿元。与华为、中广核、深智城、深圳燃气集团等行业领军企业建立全面战略合作伙伴关系，与奇安信、平安科技、招商银行、中国电子等知名公司共建60余个校企联合实验室。