教师名录
刘滨
通讯地址:深圳南山西丽深圳大学城哈工大校区C406
电子邮件:binliu.hitsz(at)foxmail.com; bliu(at)hit.edu.cn
联系电话:0755-86011630

个人简介

长期从事生物信息学、自然语言处理、人工智能、机器学习、数据挖掘研究。每年招收博士研究生1名,硕士研究生5-6名。欢迎对生物信息学、自然语言处理、机器学习、人工智能感兴趣的同学报考。可以直接邮件联系。

研究方向

生物信息学、机器学习、人工智能、自然语言处理、数据挖掘。

教育经历

2007/03-2010/08  哈尔滨工业大学深圳研究生院,计算机科学与技术学院,工学博士
2004/09-2007/03  哈尔滨工程大学,计算机科学与技术学院,工学硕士
2000/09 -2004/06  哈尔滨工程大学,计算机科学与技术学院,工学学士

研究与工作经历

2016/01至今  哈尔滨工业大学深圳研究生院,计算机科学与技术学院,教授、博导
  
2014/08-2015/12  哈尔滨工业大学深圳研究生院,计算机科学与技术学院,副教授、博导
2012/01-2014/07  哈尔滨工业大学深圳研究生院,计算机科学与技术学院,助理教授
2010/12-2012/01  美国俄亥俄州立大学,生物信息系,博士后
  
  

专业资质与学术兼职

2016至今  Scientific Reports,编委会成员
2015至今  PLOS ONE,学术编辑
2013至今  APBC2014, APBC2015, GIW2016,GIW2015, PC member
2008年至今  长期担任20余种SCI期刊特约审稿人
2016至今  CCF生物信息学专业组首届委员
2016  BioMed Research International客座主编

科研项目

2016.1-2019.12  广东省自然科学基金杰出青年基金,主持
2014.1-2016.12  国家自然科学基金青年基金,主持
2017.1-2020.12  国家自然科学基金面上项目,主持
2013.1-2014.12  哈工大科研创新基金,主持
2012.3-2014.3  深研院新教师科研启动项目,主持
2012.12-2014.12  上海市智能信息处理重点实验室开放课题,主持
2014  教育部留学回国人员科研启动基金,主持
2014  广东省自然科学基金自由申请项目,主持
2016  深圳市基础研究项目,主持
2012.10-2014.10  广东省自然科学基金博士启动,主持
2016  广东省特支计划科技创新青年拔尖项目,主持
2017  深圳市基础研究项目,主持
2017  深圳市海外高层次人才项目,主持
2017  国家自然科学基金重点项目,第一参与人。

科研成果及奖励

2014  深圳市孔雀计划B类人才
2015  深圳市地方级领军人才
2015  哈工大青年拔尖教授
2015  2014年中国百篇最具影响国际学术论文
2016  广东省自然科学杰出青年基金
2016  广东省特支计划科技创新青年拔尖人才
2016  深圳市青年科技奖
2016  哈尔滨工业大学“十二五”期间“科技工作优秀个人”
2016  哈尔滨工业大学第二届国家开发银行科技创新奖
2016  2015年中国百篇最具影响国际学术论文

发明专利

国家发明专利,林磊;刘滨;孙承杰;王晓龙;刘秉权;刘远超,一种基于Top-n-gram的蛋白质远程同源性检测和折叠识别方法,2012.12,中国,ZL201010600321.7。

论文及著作

近三年代表作
*代表通讯作者

Yumeng Liu, Xiaolong Wang, Bin Liu*, A comprehensive review and comparison of existing computational methods for intrinsically disordered protein and region prediction, Briefings in Bioinformatics (In press)

Junjie Chen, Mingyue Guo, Shumin, Li, Bin Liu*, ProtDec-LTR2.0: An improved method for protein remote homology detection by combining pseudo protein and supervised Learning to Rank, Bioinformatics (In press)

Junjie Chen, Mingyue Guo, Xiaolong Wang, Bin Liu*, A comprehensive review and comparison of different computational methods for protein remote homology detection, Briefings in Bioinformatics, 2016 (In press, SCI, IF: 8.40)

Bin Liu*, Shanyi Wang, Ren Long, Kuo-Chen Chou. iRSpot-EL: identify recombination spots with an ensemble learning approach, Bioinformatics 2016;DOI: 10.1093/bioinformatics/btw539.(SCI, IF: 5.77)

Bin Liu*, Ren Long, Kuo-Chen Chou, iDHS-EL: identifying DNase I hypersensitive sites by fusing three different modes of pseudo nucleotide composition into an ensemble learning framework. Bioinformaitcs, 2016, 32(16), 2411-2418.(SCI, IF: 5.77)

Bin Liu*, Longyun Fang, Ren Long, Xun Lan*, Kuo-Chen Chou*, iEnhancer-2L: a two-layer predictor for identifying enhancers and their strength by pseudo k-tuple nucleotide composition,Bioinformaitcs, 2016, 32(3):362-369 .(SCI, IF: 5.77)

Bin Liu*, Fule Liu, Longyun Fang, Xiaolong Wang, Kuo-Chen Chou*, repDNA: a Python package to generate various modes of feature vectors for DNA sequences by incorporating user-defined physicochemical properties and sequence-order effects, Bioinformatics, 2015, 31(8):1307-1309.(SCI, IF: 5.77)

Bin Liu*, Junjie Chen, Xiaolong Wang, Application of Learning to Rank to protein remote homology detection. Bioinformaitcs, 2015, 31, 3492-3498 .(SCI, IF: 5.77)


Bin Liu*, Fule Liu, Xiaolong Wang, Junjie Chen, Longyun Fang, Kuo-Chen Chou*: Pse-in-One: a web server for generating various modes of pseudo components of DNA, RNA, and protein sequences. Nucleic Acids Research, 2015, W1, W65-W71. (SCI, IF: 9.20)


Bin Liu*, Deyuan Zhang, Ruifeng Xu, Jinghao Xu, Xiaolong Wang, Qingcai Chen, Qiwen Dong, Kuo-Chen Chou, Combining evolutionary information extracted from frequency profiles with sequence-based kernels for protein remote homology detection. Bioinformatics, 2014, 30(4): 472-479. (SCI, IF: 5.77)

HuiZi Chen, Madhu M. Ouseph, Jing Li, Thierry Pecot, Veda Chokshi, Lindsey Kent, Sooin Bae, Morgan Byrne, Camille Duran, Grant Comstock, Prashant Trikha, Markus Mair, Shantibhusan Senapati, Chelsea K. Martin, Sagar Gandhi, Nicholas Wilson, Bin Liu, YiWen Huang, John C. Thompson, Sundaresan Raman, Shantanu Singh, Marcelo Leone, Raghu Machiraju, Kun Huang, Xiaokui Mo, Soledad Fernandez, llona Kalaszczynska, Debra J. Wolgemuth, Piotr Sicinski, Tim Huang, Victor Jin and Gustavo Leone*, Canonical and Atypical E2Fs Regulate the Mammalian Endocycle. Nature Cell Biology, 14 (11), pp. 1192-1202, 2012 (SCI, IF: 18.7)

Bin Liu, Jimmy Yi, Aishwarya SV, Xun Lan, Yilin Ma, Michael Ostrowski, Gustavo Leone, and Victor X*. Jin, QChIPat: a quantitative method to identify distinct binding patterns for two biological ChIP-seq samples in different experimental conditions. BMC Genomics, 2013, 14(Suppl 8):S3 (SCI, IF: 3.87)

Bin Liu*, Shanyi Wang, Qiwen Dong*, Shumin Li, Xuan Liu, Identification of DNA-binding proteins by combining auto-cross covariance transformation and ensemble learning. IEEE Transactions on NanoBioscience, 2016. 10.1109/TNB.2016.2555951.(In Press, SCI, IF: 1.97)

任教和任导师经历

  指导博士生:陈俊杰、刘羽朦,吴周润,靳小鹏,魏航。

指导硕士生:

2012级硕士研究生: 许景皓
2013级硕士研究生: 刘福乐
2013级硕士研究生: 房龙云
2014级硕士研究生: 王善意、龙任
2015级硕士研究生:吴颢、郭明月、杨帆、李舒敏
2016级硕士研究生:李凯、钟宇泓、陈宏达、江霜艳、翁帆、张军
2017级硕士研究生: 贺娟、陈嘉海、高昕、李晨晨、朱昱森、

讲授课程
全日制硕士课程 《生物信息学》,32学时;
最后更新:2017-09-12 15:48:07